امام موسی کاظم( که به شهادت رسید، برخی ایشان را همان مهدی موعود خواندند. آنگاه فرقه واقفیه به وجود آمد و حوزه علمیه کوفه دچار پریشانی گردید. افزون بر این، مهاجرت امام رضا( به ایران و رونق یافتن حوزه علمیه قم با حضور شاگردان بزرگ امام رضا( نیز از فروغ حوزه کوفه کاست.حوزه علمیه بغداد در دوره غیبت صغرا و سپس در آغازین دهههای غیبت کبرا به قطب علمی شیعه بدل شد. حوزه بغداد، به دلیل حضور نایبان خاص امام مهدی( و مهاجرت علمای قم و کوفه و اکثر مناطق به این شهر و حضور دولت نیرومند آلبویه رونق گرفت. عالمان بزرگی در این حوزه ظهور کردند که بیشتر آنان به دلیل همزمانی با غیبت صغرا و آغاز غیبت کبرای امام مهدی( اثر خاصی در این زمینه دارند. این مقاله با معرفی حوزه علمیه بغداد و علمای بزرگ آن، فهرستی کوتاه همراه با توضیحات لازم درباره نوشتههای ایشان در زمینه مهدویت، ارائه میدهد.
عقاید اختصاصی گروههای مختلف شیعی، باعث پیدایش فرقه های متعددی شده است . کتاب فرق الشیعه نوبختی به عنوان کهن ترین کتاب فرقه شناسی موجود، حاوی اطلاعات گسترده ای در این زمینه می باشد.سبک خاص و قدمت این کتاب، لزوم بازخوانی و نگرش نقادانه آن را دو چندان کرده، جریان شناسی و نقد آن را توجیه پذیر نموده است.بر پایه بازخوانی برخی اصول حاکم بر کتاب مذکور و نقد و بررسی آن می توان ادعا کرد که نگاه تاریخی و لغوی در معرفی فرقه، گوناگونی اطلاق شیعه، زمانبندی ناصحیح فِرق و تغییر مشی مؤلف در تقسیمات آن بر اساس تعریف امام، ابهام آفرینی در گزارش سیر اندیشه مهدویت، نارسایی مفهوم توقف و معرفی ناقص زندیقان از جمله مواردی است که باعث زمینه سازی برای شکلگیری جریانی بر علیه شیعه شده و به نوعی راه را برای تحقیقات جدید بسته نگاه داشته است.