در نوع رهبری امام باقر(ع) تمام شاخصه های ذاتی و اکتسابی ایشان، سبک های رهبری آمرانه، مشارکتی، متقاعد کننده و تفویضی به گونه ای منظم دخیل است. علاوه بر آن، موقعیت درون سیستم رهبری شونده یعنی تشیع، بر نوع رهبری امام باقر(ع) تاثیر داشته است. در این نوع رهبری علاوه بر نقاط مشترک، شاخصه های متمایزی از سبک رهبری ایشان با الگوهای نظری مطرح نیز وجود دارد. این شاخصه ها در برخی ویژگی های شخصیتی نظیر علم و عصمت، خط مشی ها و اصول حاکم بر سبک های آمرانه و تفویضی رهبری ایشان، در توجه به موقعیت بیرون از سیستم تشیع، علاوه بر وضعیت درون نظام رهبری حضرت و ... قابل بررسی است. گویا وجود این شاخصه های متمایز در اصول رهبری و مواردی از جزئیات، به تفاوت دو مفهوم یا واژه «رهبری» و «ولایت» مرتبط است.
اما از همان ابتدا قرار بر حفظ سطح علمی کار، اجتناب از تبلیغات و منع از رسانهای شدن آن گذاشتیم؛چرا که مطالب کتاب آقای مدرسی-همان طور که در جوابیه اخیر نیز تصریح کردهاند-فقط در سطوح تحقیقی و تخصصی قابل عرضه و بررسی است و قرار دادن آنها در معرض دید همگان همان پیامدی را دارد که اینک برای کتاب مکتب در فرآیند تکامل پیش آمده است:اظهارات افراد ناآشنا به موازین تحقیق و ناآگاه از حیطههای تخصصی در برخی رسانهها،و عقدهگشاییها و رجزخوانیهای ناشی از مرعوبیت و دلنمودگیهای گذرا. اگر ناکارآمدی این روش در میان غربیان اکنون از اصول موضوعه تحقیق شده است،به طوری که شرح و تفصیل آن در مقدمه کتابی که برای آن سنت علمی نگاشته میشود امری زائد و مستغرب محسوب میشود،آیا نپرداختن به نقاط ضعف آن روش تحقیق در مباحث تاریخی که در شرق برای قرون متمادی رواج داشته و هم اکنون نیز دارد،و شرح و تفصیل ندادن روش جدید و روشن نکردن نقاط قوت آن،نه در مقدمه دو چاپ خارج از کشور و نه در مقدمه چاپ ایران،امری خالی از استغراب نیست؟ جناب آقای دکتر مدرسی روش نقل و نقد حدیث در میان مسلمین را به گونهای تقریر فرمودهاند که خوانندگان ناآشنا به مباحث حجیت خبر واحد در علم اصول،چنین میپندارند که بطلان حجیت خبر واحد آن قدر روشن است که نیاز به گفتگو ندارد،در حالی که ایشان به نیکی میدانند که قول به حجیت اخبار آحاد در فقه قول سائد و برتر است و مخالفان آن بسیار اندکاند.
نگارنده سه معنا برای کلمه اخباری بیان میکند: یکی معنای قرن چهارم که تمام مورخان از جمله طبری سنی و برقی امامی را در برمیگیرد. دوم اطلاق کلی که هر محدثی را شامل میشود و مانند صدوق و مجلسی و حر عاملی. سوم جریانی که در برابر علم اصول فقه ایستاده که در طول قرن یازدهم تا سیزدهم بر حوزههای شیعی اثرگذار بودند. این دوره با مولی محمد امین استرآبادی آغاز شده و به شیخ یوسف بحرانی پایان میگیرد. نگارنده که آرای استرآبادی را بر اساس کتابش "الفوائد المدینة" بررسی و گزارش میکند، بر آن است که میرزا مهدی اصفهانی به عنوان شاگرد میرزا محمد حسین نایینی نظام معرفتی فقاهتی داشته و نمیتوان او را اخباری به معنای سوم دانست.