حکومت 38 ساله سلطان حسین باقر (873-911 ق) که مقارن با واپسین سالهای حكمراني خاندان تيموري در ايران و همزمان با تشكيل حكومت صفويه است، از نظر چگونگي برخورد با مذهب شيعه و سياست مذهبيِ اتخاذشده در قبال آن، مورد توجه است . در بيشتر تحقيقات كنوني به وضعيت عمومي مذهب تشيع در دوره تيموريان و به طور مختصر به گرايش مذهبي سلطان حسين و فضاي مذهبي حاكم در اين عهد پرداخته شده است، اما نگارنده اين نوشتار بر آن است تا با روش توصيفي -تحليلي و با بهره گيري از منابع تاريخي، شرح حال ها، تذكره ها، نامه ها و مكاتيب اين دوران، علاوه بر گرايش مذهبي سلطان حسين و وضعيت مذهبي شيعيان در قلمرو وي، به تبيين علل گرايش اين سلطان به مذهب شيعه و پيامدهاي سياست مذهبي او بر تشيع بپردازد.
چگونگی ورود و سپس اقامت علی بن موسی الرضا در مرو، پایتخت خلافت اسلامی در دوران خلافت مأمون عباسی، موجب طرح فرضیههای مختلف بهویژه با محوریت برخی شخصیتهای مهم آن دوران است. فضل بن سهل ملقب به ذوالریاستین در جریان ولایتعهدی و دیگر موضوعهای مهم مرتبط با امام، گاه با تحلیلهای متفاوت و حتی متضاد مواجه شده است. چنین به نظر میرسد برای دستیابی به درکی جامع و منطقی از مسائل مربوط به آن حضرت با مأمون و دربارش، ضرورت دارد افکار و اقدامات ذوالریاستین در مورد امام به دقت بررسی گردد. این پژوهش تلاش دارد با رویکردی توصیفی ـ تحلیلی و با استفاده از روش پژوهش تاریخی، نقش این وزیر مقتدر را در چگونگی رابطه مأمون با امام رضا بررسی کند. یافتههای پژوهش، گویای نفوذ فوقالعاده ذوالریاستین بر مأمون است، با این حال وی در ارتباط با امام بیشتر متأثر از مأمون بود و کوشید با نزدیک ساختن افکار و تصمیمگیری خود به خلیفه، موقعیت خودش را تحکیم نماید. فضل با وجود داشتن اقتدار، نتوانست بر آن حضرت تسلط یابد، در عین حال شواهد متقنی نیز بر ارادت او نسبت به امام وجود ندارد.
هدف از پژوهش حاضر بررسی عوامل موثر بر شکلگیری تسنن دوازده امامی در قرن نهم هجری و تاثیرات متقابل آن در برابر تشیع میباشد. تلاش نگارندگان بر آن است تا به این پرسش جواب داده شود که چه عواملی در شکل-گیری اولیه و توسعه تسنن دوازده امامی در این قرن موثر بوده است؟ و تسنن دوازده امامی و تشیع چه تاثیرات متقابلی بر یکدیگر داشتهاند؟ یافتههای این پژوهش که به صورت توصیفی- تحلیلی صورتگرفته، حاکی از این است که برچیدهشدن حلافت عباسی به عنوان قدرتمندترین نهاد دینی اهل تسنن، سبب شد تاسایر گروههای مذهبی بویژه شیعیان مجال فعالیت در فضای خاص سیاسی آن دوران را یافته و به تدریج بر تعداد پیروانشان افزودهشود. در کنار این امر فراگیرشدن نهضتهای صوفی درایران با توجه به تسامح مذهبی تیموریان، نوعی خاص از تفکر جدید را وجود آورد که سعی داشت تا ضمن پایبندی به اصول مذهب تسنن، توجه ویژهای به امامان شیعه (ع) داشته و روند متعادلی در همزیستی تسنن و تشیع در ایران بوجودآورد که تحت عنوان تسنن دوازده امامی شناخته میشود. در این بین تصوف به عنوان حلقه واسط جریانی شد که حاصل آن گذر مذهبی ایران از تسنن محض به تشیع در حدفاصل قرون هفتم تا نهم هجری بود.