عمده پژوهشهای جعفریان درباره تاریخ تشیع است. زمینه‌های دیگر پژوهشهای وی عبارت اند از: تاریخ سیاسی صدر اسلام، تاریخ تشیع و تاریخ دوره صفوی. کتاب‌هایی چون تاریخ سیاسی اسلام (سیره رسول خدا و سیره خلفا)، تاریخ تشیع در ایران، اطلس شیعه و نیز سیاست وفرهنگ روزگار صفوی از جمله کارهایی است که در این زمینه‌ها منتشر کرده‌است.
در زمینه تاریخ معاصر نیز کتاب جریانها و سازمان‌های مذهبی سیاسی بین سالهای ۱۳۲۰ – ۱۳۵۷ را نوشته‌است. مجموعه مقالات جعفریان در هجده مجلد به چاپ رسیده‌است. آثار چندی نیز به عنوان تصحیح و ترجمه از وی انتشار یافته‌است.
جعفریان درباره تاریخ حجگزاری ایرانیان نیز تحقیقات و مقالاتی داشته که در کتب و نشریات مختلفی چاپ شده‌است.(نک: پنجاه سفرنامه حج قاجار، ج۱، اولین مقاله)او در زمینه تصحیح نسخه‌های خطی سفرنامه‌های حج ایرانیان سالها فعالیت کرده و مجموعه‌ای از آنها را به صورت مستقل و نیز در مجموعه‌ای با نام پنجاه سفرنامه حج قاجار(نشر علم، تهران، ۱۳۸۹)چاپ کرده‌است.
