عمده پژوهشهای جعفریان درباره تاریخ تشیع است. زمینههای دیگر پژوهشهای وی عبارت اند از: تاریخ سیاسی صدر اسلام، تاریخ تشیع و تاریخ دوره صفوی. کتابهایی چون تاریخ سیاسی اسلام (سیره رسول خدا و سیره خلفا)، تاریخ تشیع در ایران، اطلس شیعه و نیز سیاست وفرهنگ روزگار صفوی از جمله کارهایی است که در این زمینهها منتشر کردهاست. در زمینه تاریخ معاصر نیز کتاب جریانها و سازمانهای مذهبی سیاسی بین سالهای ۱۳۲۰ – ۱۳۵۷ را نوشتهاست. مجموعه مقالات جعفریان در هجده مجلد به چاپ رسیدهاست. آثار چندی نیز به عنوان تصحیح و ترجمه از وی انتشار یافتهاست. جعفریان درباره تاریخ حجگزاری ایرانیان نیز تحقیقات و مقالاتی داشته که در کتب و نشریات مختلفی چاپ شدهاست.(نک: پنجاه سفرنامه حج قاجار، ج۱، اولین مقاله)او در زمینه تصحیح نسخههای خطی سفرنامههای حج ایرانیان سالها فعالیت کرده و مجموعهای از آنها را به صورت مستقل و نیز در مجموعهای با نام پنجاه سفرنامه حج قاجار(نشر علم، تهران، ۱۳۸۹)چاپ کردهاست.
یکی از منابع مهمّ پژوهشی در حوزهٔ تمدنی جهان اسلام، نسخ خطی است و بخشی از این مواریث کهن، طبعاً متعلّق به طیفِ جامعهٔ شیعی است. وجود عناصرِ مشترک قوی اعتقادی و مشابهتها و تأثیراتِ رفتاری بکتاشیان از آموزههای مکتب اهلبیت:، با شکلی صوفیانه، حاکی از آن است که آنان، بیتردید، بخشی از جامعهٔ شیعی دورمانده از اصل خویشاند. بررسی مقدّماتی گونهشناختی متون کهنِ بکتاشیان، نشان میدهد بیشترینِ آثار بکتاشیه به زبان ترکی عثمانی و در موضوع کلّی تصوّف، شامل بیان آیینها و آدابِ جمعخانهها، همراه شرح احوال و نقل سخنان رهبرانِ بکتاشیه، افسانههای عجیب تأویلی دربارهٔ رهبران بکتاشیه، بهویژه حاجی بکتاش ولی، همچنین نگاه نیمهلاهوتی به حضرت علی 7 همراه تأثیرپذیریهای بیشتر از آموزههای امام صادق 7، در کنار ردّپایی از عناصر اندیشههای غالیانه و تأویلی شیعی، بهویژه در مسئلهٔ تولّا و تبرّا از غاصبان حقوق اهلبیت: است. تحریر این نوشتار، به روش توصیفی و کتابخانهای، بیشتر بر پایهٔ نسخههای خطی بکتاشیه موجود در کتابخانههای ترکیه بوده است
از میــان آثــار برجایمانــده ادبــی آقاحســین خوانســاری، وقفنامــه ای اســت کــه بــرای میــرزا رضیــا محمــد نوشــته و تمــام تــلاش خــود را بــرای نــگارش یــک متــن ادبــی در چارچـوب وقـف بـا اسـتفاده از آیـات و احادیـث بـکار بـرده اسـت. نسـخهای از وقفنامـه آقاحسـین بـرای میـرزا رضیـا در نسـخه شـماره 2570دانشـگاه (فریـم )60-58و نیـز نسـخه شـماره 1997دانشـگاه (فهرسـت: ( )604/8فریـم )171-165آمـده اسـت. نویسـنده، متـن حاضـر را از روی نسـخه 1997تهیـه کـرده و بـا نسـخه 2570مقابلـه و مـوارد افـزون یـا متفـاوت را در کروشـه افـزوده اسـت.