در بین مخالفان فلسفه و روشهای فلسفی کسانی بودهاند که دغدغه دینی داشته، به قصد خدمت به دین و آموزههای دینی، با فلسفه و روشهای استدلال فلسفی و منطقی مخالفت کردهاند. این افراد به نیت خالصسازی و تنزیه دین از تفکرات صرف فلسفی- که منبعث از فکر و ذهن انسانی است- با ورود عقل و برهان فلسفی به حوزه آموزههای دینی و وحیانی مخالفت نموده و مانع اختلاط دین با چنین تفکراتی شدهاند و معتقدند عقل و فلسفه ناتوان از رساندن انسان به مقصود خداوند است. یک جریان فکری، دینی و شیعی (دوازدهامامی) با نام «مکتب معارف خراسان» که بعدها به «مکتب تفکیک» معروف شدند، به این روش باور جدی دارند و با ورود و استفاده از روش فلسفی و منطقی در حوزه علوم انسانی و اسلامی بهطورجدی مخالفاند. نگارنده یکی از علل مهم و کلیدی مخالفت این مکتب را با روش فلسفی، بعد زبانشناختی و معناشناختی میداند و معتقد است بزرگان این مکتب با توجه به مسئله رابطه بین لفظ و معنا و قائلشدن به تفاوت بین دلالت الفاظ بر معانی از طرف خداوند و دلالت الفاظ بهکاررفته توسط انسان بر معانی، فهم و روش فلسفی را قادر به بیان معانی و درک واقعیات مد نظر خداوند ندانسته، استفاده از روش فلسفه را موجب گمراهی از مسیر وحی و آموزههای دینی و اسلامی میدانند.