اهمیت قانون اساسی و ولایت فقیه در نظام جمهوری اسلامی، سبب شکلگیری دیدگاههای متعددی در خصوص میزان اختیارات ولی فقیه و قانون اساسی شده است. در این راستا: گروهی با تکیه بر مشروعیت الهی ولایت فقیه، ولی فقیه را فوق قانون میدانند؛ برخی دیگر با فرض تعارض اندیشه کلامی یا فقهی شیعه درباره ولایت فقیه با قانون اساسی، اولویت را به قانون اساسی میدهند؛ گروه سوم، با نگاه جامعه شناختی به قانون اساسی، معتقدند سیره و عملکرد پیامبر اسلام و تجربه ده سالهی اجرایی امام خمینی(ره)، به خوبی نمایانگر عدم تعارض وظایف و اختیارات ولی فقیه با قانون اساسی است.
شاید یکی از مهمترین مسائل حکومت دینی، نحوه تعامل ولی فقیه با مجموعة سازمان روحانیت، بهویژه نهاد مرجعیت است که میتواند بخشی از تزاحمها یا همسوییهای جامعه دینی را با رهبری سیاسی تحت تاثیر قرار دهد. از یکسو، دیدگاههایی که مرجعیت دینی درباره نحوه تعامل خود با رهبری سیاسی دارد و از سوی دیگر، مرجع بودن یا نبودن شخص ولی فقیه میتواند به ابعاد این رابطه پیچیدگیهای خاصی بخشد و رابطه این دو نهاد را به یکی از موضوعهای حساس ذیل حکومت دینی بدل سازد. مروری بر رویه و متون استنادی موجود نشان میدهد، دراینباره، ایده و الگوی مورد وفاقی وجود ندارد که این رابطه را تحت پوشش قرار دهد و این تعامل بیشتر تحت تاثیر شرایط تاریخی و سیاسی دچار قبض و بسط شده است. بااینهمه، تاملات کنونی نشان میدهد چندین نظریه و الگو دراینباره وجود دارد که میتوان آنها را در دو رویکرد کلاسیک و جدید بازخوانی کرد و به ارزیابی نتایج روششناختی آنها پرداخت.