دربارهی اندیشهی سیاسی اسلام در جهت اقامهی حکومت نظریات متعددی بیان شده است. از جملهی این نظریات میتوان به ایدهی ولایت شورایی اشاره کرد که برخی فقهای معاصر بیان کردهاند. قائلان این نظر معتقدند که با توجه به ضرورت مشورت در نصوص دینی، ولایت داشتن همهی فقها، احتمال استبداد در ولایت فردی و... مقتضی است که شورایی متشکل از مراجع تقلید هر عصر تشکیل شود و تصمیمات مربوط به حکومت بهصورت جمعی اتخاذ شود. از جمله دلایلی که برای این امر اقامه شده، استناد به اهمیت و وجوب شورا در اسلام و روایات است. با بررسی مجموعهی دلایل در فقه امامیه، باید گفت هیچگونه ادلهی شرعی مبنی بر کنار گذاشتن ولایت شخص واحد و اقبال به ولایت جمعی وجود ندارد، مضافبر این در سیرهی ائمهی معصومین (ع) و فقهای ماضی نیز به ولایت شورایی اشارهای نشده است، بلکه بر عکس اخباری در رد ولایت شورایی از معصومین (ع) در دسترس است. جدا از روایات و نداشتن پشتوانهی شرعی باید به مشکلات ساختاری و کارکردی پیش روی ولایت شورایی نیز اشاره کرد؛ از جمله اینکه در مسائل مهم و ضروری، تصمیمگیریها با مشکل روبهرو میشود و درصورتیکه آرا مساوی باشد یا اکثریت حاصل نشود، علاوهبر معطل ماندن امور جامعهی اسلامی، وحدت لازم در تصمیمگیریها، که لازمهی قوام جامعه است نیز تحتالشعاع قرار میگیرد. در حقوق اساسی جمهوری اسلامی ایران نیز پس از پیشبینی ولایت شورایی در قانون اساسی، با گذشت زمان علاوهبر بروز مشکلات اجرایی، به نبود مبنای شرعی و عقلایی این نظریه صحه گذاشته شد و بعد از بازنگری، از قانون اساسی حذف شد.
شاید یکی از مهمترین مسائل حکومت دینی، نحوه تعامل ولی فقیه با مجموعة سازمان روحانیت، بهویژه نهاد مرجعیت است که میتواند بخشی از تزاحمها یا همسوییهای جامعه دینی را با رهبری سیاسی تحت تاثیر قرار دهد. از یکسو، دیدگاههایی که مرجعیت دینی درباره نحوه تعامل خود با رهبری سیاسی دارد و از سوی دیگر، مرجع بودن یا نبودن شخص ولی فقیه میتواند به ابعاد این رابطه پیچیدگیهای خاصی بخشد و رابطه این دو نهاد را به یکی از موضوعهای حساس ذیل حکومت دینی بدل سازد. مروری بر رویه و متون استنادی موجود نشان میدهد، دراینباره، ایده و الگوی مورد وفاقی وجود ندارد که این رابطه را تحت پوشش قرار دهد و این تعامل بیشتر تحت تاثیر شرایط تاریخی و سیاسی دچار قبض و بسط شده است. بااینهمه، تاملات کنونی نشان میدهد چندین نظریه و الگو دراینباره وجود دارد که میتوان آنها را در دو رویکرد کلاسیک و جدید بازخوانی کرد و به ارزیابی نتایج روششناختی آنها پرداخت.