مصحف امام علی(ع) که نسخه دستنوشته آن حضرت از قرآن کریم به املاء پیامبر اکرم(ص) میباشد جزء میراث و منابع گرانبهای علوم امامان شیعه است. وجود این مصحف بر طبق روایات هر دو مذهب شیعه و اهلسنت مورد تأیید قرار گرفته و غیرقابل انکار میباشد. دیدگاه مشهور عالمان شیعه این است که محتوای مصحف علی(ع) در ترتیب سورهها و احتمالاً در تعداد اندکی از آیات و وجود تفسیر و تأویل آنها با مصحف موجود تفاوت دارد. اما برخی از معاصران معتقدند که میان این مصحف با قرآن موجود در چینش آیات و سُوَر تفاوتی نیست بلکه صرفاً در مصحف علی(ع) تفسیر، تأویل و شأن نزول آیات ذکر شده است. در این نوشتار ضمن معرفی محتوای این مصحف، دیدگاههای مختلف شیعه و سنی مورد بررسی قرار گرفته و شبهات وهابیت در رد وجود مصحف پاسخ داده شده است. نیز به نقد و بررسی دیدگاههای متفاوت دانشمندان شیعه در نحوه چینش آیات و سُوَر مصحف امام(ع) پرداخته و ضمن نقد برخی از نظریات که تفاوت دو مصحف را فقط به چینش سورهها فروکاهیدهاند، دیدگاه معاصران مقبولتر ارزیابی گردیده است.
بدون تردید مرجعیت علمی، یعنی تبیین و تفسیر آیات مبهم و متشابه و بیان معارف و احکامی که به روشنی و صراحت در قرآن کریم نیامده، مانع برداشت نادرست و نزاع علمی در میان مسلمانان است. این امر از شئون و وظایف پیامبر اکرم صلی الله علیه و اله است که پس از ایشان به اهل بیت علیهم السّلام واگذار شد. یکی از ادله مهم این مسئله که در منابع روایی اهل سنت نیز به آن پرداخت شده، روایات نبوی مورد پذیرش اهل سنت است. ایشان معتقدند اگر چیزی با سنّت نبوی که در راس آن سخنان رسول خداست اثبات شده باشد، حجت و معتبر است. احادیثی مانند ثقلین، مدینه العلم و سفینه نوح از جمله روایات بیان کننده مرجعیت علمی اهل بیت علیهم السّلام است که در این نوشتار با روش تحقیق تحلیلی- توصیفی و با مراجعه به منابع کتابخانه¬ای، چگونگی دلالت آنها بر مرجعیت علمی عترت پیامبرصلی الله علیه و اله با تکیه بر منابع مکتوب اهل سنّت بررسی شده است. در این جستار این نتیجه به دست آمده است که پاره¬ای از این احادیث تنها در مورد حضرت علی علیه السّلام وارد شده است، اما از آنجا که علم آن حضرت بعد از ایشان به دیگر امامان منتقل شده است، این شان شامل دیگر معصومین علیهم السّلام نیز خواهد شد.